W życiu Owena nic nie dzieje się tak, jak trzeba, odkąd jego ojciec zmarł w więzieniu. Chłopiec próbuje oczyścić imię ojca, wierząc, że oskarżenie było niesłuszne. Pomoc nadchodzi od strony Monroe'a - prawdziwego szkolnego specjalisty od IT. Dzięki maszynie Animus Owen wraz z grupą nastolatków przenosi się do Nowego Jorku prosto w zamieszki 1863 roku i rozgrywki między dwiema organizacjami: Bractwem Asasynów a Zakonem Templariuszy.