Andreas Issli czuje się obco w Krakowie u schyłku austro-węgierskiego cesarstwa. To pół Szwajcar, pół Włoch, niezadomowiony w żadnym języku. Zaprzyjaźnia się z Jankiem, polskim chłopcem z dobrej, patriotycznej rodziny, który uczy go gry w piłkę i przekazuje mu bogoojczyźniane ideały. Kiedy wybucha pierwsza wojna światowa Janek ginie bohatersko, męczeńsko. Bezsensownie. Ta szalona śmierć fascynuje i przeraża Andreasa.
Issli wyjeżdża do Austrii, by studiować psychologię. Poznaje Freuda, Junga i Trzecią Rzeszę. Zostaje nazistą. Jednak do wszystkiego, co robi, popycha go pragnienie zrozumienia Polaków. Jak pojąć naród poddany dziwnej hipnozie poświęcenia, kraj świętych wybuchów, gdzie co pokolenie oddaje się w ofierze najmądrzejszych i najdzielniejszych? Andreas zaczyna poszukiwania, które niepokoją faszystowskich dowódców…
„Wąż w kaplicy” to oryginalna powieść historiozoficzna podszyta Gombrowiczem – brawurowa i buntownicza.