Elisabetta Celestino, genialna młoda archeolog pracująca  w rzymskich katakumbach, odkrywa unikalny wzór symboli.  Jest przekonana, że w sąsiedniej krypcie ukryte są ludzkie  szkielety z dziwną anomalią anatomiczną, będące dowodem  na istnienie nieznanej wcześniej sekty przedchrześcijańskiej. Niestety, Watykan kategorycznie odmawia poparcia dla dalszych  badań.
 
Dziesięć lat później nad kryptą zapada się sklepienie i szokującego znaleziska nie można już dłużej ukrywać. Elisabetta, która  po traumatycznych przejściach porzuciła archeologię, by odnaleźć  ukojenie w modlitwie i naukach katolickich, będzie musiała  zrzucić zakonny habit, aby rozwiązać tajemnicę katakumb i zapobiec apokaliptycznym zdarzeniom, zagrażającym nie tylko losom Watykanu, ale istnieniu całej ludzkości.
 
Kluczem do sukcesu jej misji jest dwunastowieczna przepowiednia Malachiasza oraz tekst "Tragicznej historii doktora Fausta" Christophera Marlowe’a.